該系統由試點院校的行政職能部門(如研究生院、研究生處等)、各院系負責研究生工作的領導和乾事及EDM研究生導師組成。
該系統中學校研究生院(處)是行政管理機構，主要職責是監督、檢查、指導全校各學院(系)培養單位EDM專業學位工作，保證培養方案的實施。通過統一管理與協調，提高EDM的培養質量。校各學院(系)負責研究生工作的領導小組及EDM導師，要根據國務院學位辦有關文件規定和全國EDM專業學位教育指導委員會有關意見，結合本校本學科專業實際，提出指導思想明確、具有可操作性的培養方案，就培養目標、規格、招生對象、培養方式、學習年限、課程設置、考試、學位論文撰寫與學位授予等問題作出明確規定。諸如試點工作管理與實施意見，EDM指導教師進選辦法、研究生學籍管理、經費分配、實踐基地理設管理等有關規定。這些規章制度使各試點學校在研究生培養的各個環節基本做到了有章可循、規範管理。
EDM專業學位執行導師直接面對學員，協助院(系)及校研究生處進行日常管理，與職能部門聯繫溝通，及時掌握EDM學員的思想動態、學習情況等，進行有效的管理，EDM研究生導師在研究生的培養過程中起著關鍵的作用，他們最了解學生，對學生的影響最大，也是學生最尊敬的楷模。 EDM學員大部分是在職攻讀，有一半時間不在校，期間與導師聯繫較多，所以EDM導師教書育人的重要性要高於普通研究生導師，要求其必須具備崇高的師德和高度的責任心，要求關愛學生，能耐心指導學生，因材施教。導師還必須具有現代教育理念，有較豐富的從事有關學科教學的經驗，有較強的教育研究能力，並取得一定的研究成果，有指導碩士研究生的經歷和能力，導師隊伍中還應包括來自於教育實踐第一線的有豐富實踐經驗的中學高級教師，省市教科院(所)的研究員*從而形成一支優勢互補的EDM專業學位研究生指導教師群體。