高等學校要實現人文教育與科學教育的真正融合，就是要建立起合理有效的管理體制與運行機制，形成有利於科學教育與人文教育相互融合的體制與機制保障體系。

第一，通過高等學校組織機構創新，推動科學教育與人文教育的有機融合。高等學校的組織機構創新涉及的內容很多，包括建立跨學科的教學、科研組織：改革忽視學術研究，忽視學科、專業之間的交流，忽視教師與學生之間交流的教研宰體制；進行學術組織與行政組織的整合，使學術權力與行政權力相輔相成，促進高等學校健康、可持續地發展；借鑒世界著名大學的經驗，實行科研組織的開放式管理模式，等等。這些是新時期高等學校為適應外部快速變化的社會而在內部組織創新L所做出的若干探索。

第二，建立有利於科學教育與人文教育相融合的質量保障體係與評價機制。科學教育與人文教育的融合，除了學校自身要加強努力之外，還省賴於全社會建立起一種質量保障制度和評價機制，從而形成校內外相互結合的、完備的教育質量調控和監督系統。為此，無論是國家對高等學校的人才培養目標、教育質量標準的設定，以及高等學校白身在人才培養、知識生產以及社會服務過程中的質量監控體系的建立，還是整個社會對高等學校終端產品的檢驗制度的形成，都要向有利於全面素質教育、有利於人文教育與科學教育融合的方向發展。

第三，加強高校校園文化建設，注重塑造科學與人文並重的大學精神，形成促進科學教育與人文教育相互融合的學術環境和文化氛鬧。縱觀國內外一流大學，不僅具倉獨具一格的辦學體制、辦學思想和辦學特色，也往往具備與時代發展特徵相楔合的大學精神和文化傳統，而校園文化，正是這種精神和傳統的活的表現形式。因此，新時期高等教育要實現科學教育與人文教育的深度融合，還必須高度重視校園文化所創造出的學術環境和文化氛圍對人的熏陶與影響，主動積極地塑造科學與人文並重的大學精神，並通過不懈的努力，將其融彙在教學、科研、管理等日常工作中，融彙在校園文化建設中，體現在教師、學生的精神風貌上。