學術論文在結構上常見的問題，主要有下列幾種：
（一）不完整：
不完整是指論文沒有形成一個完整的整體。如有的論文，開頭沒有說明課題的來源或研究目的、意義，也不交代調查或研究的手段和方法，開頭就列舉大量事實和數據，給人莫名其妙之感，或前後不銜接，或顛三倒四，或有的結尾沒有明確的結論，都是別人說，看不出自己的觀點和見解。
（二）結構混亂：
結構淚亂表現在前後顛倒，邏輯混亂；層次不清，鬍子眉毛一把抓；主次不分明，重點不突出；有的論點與論據之間沒有必要的聯繫，或互相脫節，互相矛盾。學術論文的層次之間，必須脈絡貫通，思路清晰，即古人所說的”文氣通暢”，才能主次分明，論證有力。
（三）層次不明：
層次不明表現在有的缺少自然的過渡，顯得突兀。有的論文好幾頁也不分段，或很少分段，一氣呵成，中間不用序碼，也不加小標題，層次不明確，讀起來很費勁，也會影響論文的宣傳效果。
（四）比例失調：
比例失調是指論文各部分之間的比例失衡。比如，有些論文的序論部分，既不是開門見山，也不是曲徑通幽，文字拉雜，內容貧乏，真可謂”兩個黃鵬鳴翠柳，一行白鷺上青天”，既不知所云，也不知所往。而中間的主體部分卻短而無力；有的結尾拖一個長長的尾巴，給人一種繁瑣冗長之感。一般說來，論文的序論和結論要短一些，正文部分要充實豐滿一些。正文中各個部分要盡量均衡，既要考慮層次的均衡又要顧及篇幅的均衡。
