論文的主體部分包括前言、正文、結論、鳴謝。主體部分的編寫格式可由作者視具體情況自行安排，但一般由前言（或緒論）開始，以結論結束。
一、前言：
前言又稱為引言，導言，用在論文的開頭，是論文的”先行官”。前言的內容一般是作者對論文基本特徵的簡介，如說明研究的緣起、背景、目的、範圍和相關領域的前人工作、理論分析基礎及研究的方法、意義等。這些內容也可以在正文中說明。前言應開門見山，言簡意骸；不能與摘要雷同，或成為摘要的注釋：避免使用公式推導和一般性的方法介紹。”前言”二字可以省略。比較短的論文可以只用小段文字起著前言的效用。有時為了需要反映出作者確已掌握了堅實的基礎理論和系統的專門知識，具有開闊的科學視野，對研究方案作了充分論證，對有關歷史回顧和前人工作的綜合評述以及理論分析等，也可以用較充分的文字敘述，也可以單獨成章。
二、正文：
論文的正文部分是指前言之後、結論之前的部分，是作者科研成果的具體表現，是論文的核心內容，要占主要篇幅。社會科學學術論文正文包括：論點（提出問題）、論據和論證（分析問題）、論證方法和步驟（解決問題）等；自然科學學術論文正文包括：調查物件、實驗和觀測方法、結果分析、計算方法和程式設計原理、資料資料、經過加工整理的圖表、形成的論點和引出的結論等。
學術論文由於各學科的差異，研究的選題、研究方法、分析論證、結果、表達方式都有很大的差異，因此對正文的內容不能作統一的規定。但是，必須實事求是，客觀具體，準確無誤，層次分明，邏輯嚴密。
正文的層次標署社會科學學術論文正文的結構層次一般不超過5 級。結構層次不宜用，以與注釋號相區別。
自然科學學術論文與社會科學學術論文的層次標署不同。自然科學學術論文各層次一律採用阿拉伯數位連續分級編碼：不同層次的數位之間用下圓點” “相隅，末位數位後不加標點。自然科學學術論文的各層次序號均左頂格，後空1 個字民與標題相接。
文內標題正文內容複雜、層次較多的可以用文內標題顯示。文內標題是指除文章題名外的不同級別的分標題和小標題。各層次標題都要力求簡短意明。社會科學論文的同一層次的標題要整齊劃一，相對勻稱，盡可能”排比”，即所用的片語或句子的結構相同或相近，意義相關，語氣一致。大段落的標題居中排列，可不加序號，題末不用標點符號（同號、嘆號、省略號除外）。各層次標題要醒目，其字體與非標題要有明顯的區別。文中應做到不背題，一行不占頁， 一字不占行。
正文中附文的編寫序號正文中的圖、表、附注、公式等， 一律用阿拉伯數位分別依序編排序號。如：圖1 、圖2 、表2 、表3 ，注①、注②等。圖除了標明圖序外，還應標明簡短確切的題名。序號和圖題之間空一字長。若文中僅有1 困者于圖題處標明”圖1″ 。圖題一般居中排于固的下方，圖一般隨文編排，若圖較多也可以集中排在文末或其他適當的位置。因若需臥排，應頂左底右。總之，圖要清楚美觀，比例適當。
必要時，應將圖上的符號、標記、代碼等用最簡練的文字，在圖題下方作為圖例說明。但是，切忌與表及文字表述重複。表也應有表序和表題。表序和表題居中排于表格上方，二者之間空一字長。文中僅有1 表者，于表題處標明”表1″。表內的資料也一律使用阿拉伯數位，個位數、小數點上下對齊。表內相鄰行或上下行格內的數位或內容相同時，應重複填寫。不能使用”同左”、”同上”等字代替。表一般隨文編排，先見文字後見表。表須臥排時，應頂左底右。需要轉頁排的表，應在續表上方居中注明”續表X” ，表頭重複排出。表要簡潔自明，即不看固題就可理解固意。但是，表內的內容切忌與圖及文字表述重複。
三、結論：
結論是文章的主要結果或最終的總體結論，對論文起著概括、總結、強調租提高的作用，不是正文中各段小結的簡單重複。結論應準確、完整、精練、有條理。如果沒有或不能匯出應有的結論，也可以沒有”結論”而進行必要的討論。可以在結論或討論中提出自己的建議、設想、改進的意見或待解決的問題。
四、鳴謝：
鳴謝是作者對需要感謝的組織或個人表示謝意的文字記載。可以在正文中對下列方面鳴謝：國家科學基金、資助研究工作的獎學金基金、支援或資助的組織或個人；提供便利條件的組織或個人；對研究工作提出建議或説明的人；論文中引用的資料、圖片、文獻、研究觀點的擁有者；其它作者認為應該感謝的組織或個人。作者表示謝意的文字、內容要實在，語氣要誠懇，語言要恰當、簡短。一般應排在參考文獻表之前，字體應與正文有所區別。